La Cour des comptes alerte sur la sous-utilisation alarmante du carnet de vaccination électronique en France. Avec seulement 11% des utilisateurs de « Mon Espace Santé » disposant de données vaccinales, cette lacune constitue une vulnérabilité majeure en cas d’épidémie. L’institution réclame sa généralisation d’ici 2028.
Dans un rapport publié le 7 septembre 2026, la Cour des comptes tire la sonnette d’alarme sur l’état préoccupant du suivi vaccinal en France. Quinze ans après le lancement du dossier médical partagé, devenu « Mon Espace Santé », l’outil de carnet de vaccination électronique reste dramatiquement sous-utilisé. Une lacune qui, selon l’institution, expose le pays à une vulnérabilité majeure en cas de nouvelle crise sanitaire.
Une adoption dérisoire malgré une infrastructure existante
Les chiffres révélés par la juridiction financière sont sans appel : seuls 35% des assurés sociaux ont activé l’application « Mon Espace Santé ». Plus alarmant encore, parmi ces utilisateurs, seulement 11% disposent de données de vaccination effectivement enregistrées dans leur dossier numérique. Cette situation paradoxale illustre l’échec d’un dispositif pourtant disponible depuis 2011.
Comme le souligne Amélie de Montchalin, présidente de la Cour des comptes, dans ses déclarations rapportées par Le Figaro : « Le fait que nous n’ayons pas chacun un carnet de vaccination électronique à jour est un obstacle majeur pour notre protection individuelle. » Cette défaillance individuelle se transforme en fragilité collective lorsque survient une épidémie, le degré de protection de la population demeurant alors inconnu des autorités sanitaires.
Des obstacles techniques qui paralysent le système
L’analyse menée par l’institution d’audit met en lumière les dysfonctionnements organisationnels qui entravent la généralisation du dispositif. Actuellement, seuls les pharmaciens, principaux acteurs de la vaccination antigrippale, alimentent massivement « Mon Espace Santé ». Les médecins généralistes et autres professionnels de santé se heurtent à l’incompatibilité de leurs outils informatiques avec la plateforme nationale.
Cette fragmentation technologique crée une situation absurde où l’infrastructure existe sans pouvoir être pleinement exploitée. Le professeur Alain Fischer, pédiatre-immunologue interrogé par ICI Radio-Canada, confirme cette obsolescence : « Les documents papier aujourd’hui n’ont plus vraiment de sens. » Pourtant, faute d’interopérabilité des systèmes, le carnet papier demeure la norme pour une écrasante majorité de Français.
Une vulnérabilité sanitaire inquiétante
Au-delà des considérations techniques, c’est bien la capacité de réaction du système de santé qui se trouve compromise. Amélie de Montchalin insiste sur cette dimension stratégique : « C’est aussi un élément de fragilité en matière de santé publique : quand survient une épidémie, le degré de protection de la population n’est pas connu. » Cette méconnaissance empêche toute planification efficace des campagnes de vaccination d’urgence et rend impossible l’identification rapide des populations vulnérables.
L’exemple de la grippe saisonnière illustre parfaitement cette problématique. Avec un taux de vaccination de 54% chez les plus de 65 ans, la France reste loin de l’objectif de 75% fixé par l’Organisation mondiale de la Santé. Cette insuffisance contribue aux 9 000 à 10 000 décès annuels liés à cette pathologie sur le territoire national. Sans outil de suivi fiable, difficile d’identifier précisément les personnes non vaccinées pour les inciter à se protéger.
Un calendrier serré pour rattraper le retard
Face à ce constat, la Cour des comptes formule une recommandation claire : généraliser le carnet de vaccination électronique d’ici 2028. Cette échéance, volontairement ambitieuse, implique que l’ensemble des assurés sociaux « rattrapent » leur historique vaccinal complet dans les deux prochaines années. Un défi considérable qui nécessitera la mobilisation coordonnée de tous les acteurs du système de santé.
Pour y parvenir, plusieurs leviers devront être activés simultanément. D’abord, l’amélioration des systèmes informatiques des cabinets médicaux afin de permettre une alimentation fluide de « Mon Espace Santé ». Ensuite, une campagne d’information massive pour inciter les citoyens à activer leur espace personnel et à y consigner leurs antécédents vaccinaux. Enfin, la formation des professionnels de santé à l’utilisation systématique de cet outil lors de chaque acte vaccinal.
Un investissement nécessaire dans la prévention
L’enjeu financier ne doit pas être négligé. La vaccination a représenté un investissement de 1,4 milliard d’euros pour la France en 2024. Pourtant, cet effort budgétaire génère des économies substantielles en termes de dépenses de santé évitées. Les données de 2017-2018 montrent ainsi un bénéfice net de 47 millions d’euros grâce à la prévention vaccinale.
Néanmoins, la juridiction financière appelle également la Haute Autorité de Santé à renforcer son évaluation de l’efficacité réelle des nouveaux vaccins, parfois coûteux, par rapport aux solutions existantes. Cette exigence de transparence vise à garantir que chaque euro investi dans la vaccination produise le maximum de bénéfices sanitaires pour la collectivité.
Vers une transformation numérique de la santé publique
Le rapport s’inscrit dans un contexte plus large de transformation numérique du système de santé français. Depuis le début de l’année 2026, plusieurs instances ont multiplié les recommandations pour renforcer la politique vaccinale. En avril, l’Académie nationale de médecine s’est prononcée pour la vaccination obligatoire des soignants contre la grippe. En juillet, la Haute Autorité de Santé a emboîté le pas en étendant cette recommandation à l’ensemble des professionnels de santé.
Ces initiatives convergentes témoignent d’une prise de conscience collective sur l’importance de la prévention vaccinale. Pourtant, sans outil de suivi efficace, ces efforts risquent de rester lettre morte. Le carnet de vaccination électronique apparaît donc comme la pierre angulaire d’une politique de santé publique réellement efficiente.
Alors que l’adhésion de la population française à la vaccination progresse régulièrement – passant de 61% en 2010 à 80% en 2024 –, l’absence d’infrastructure numérique opérationnelle constitue un gaspillage d’opportunité. Les citoyens sont prêts à se vacciner, encore faut-il leur donner les moyens de suivre leur parcours vaccinal et de recevoir des rappels personnalisés au bon moment.
Le défi lancé par la Cour des comptes dépasse la simple question technique. Il s’agit de construire un système de santé résilient, capable d’anticiper les crises plutôt que de les subir. Dans un monde où les menaces épidémiques se multiplient, disposer d’une cartographie précise et actualisée de la protection vaccinale de la population n’est plus un luxe, mais une nécessité absolue. Les deux années à venir diront si la France saura transformer cette infrastructure dormante en véritable bouclier sanitaire collectif.
