Dotations publiques considérables, compétences qui se chevauchent et responsabilités diluées : une étude de l’observatoire Hexagone s’interroge sur le fonctionnement des agences sanitaires françaises. Un système dont la complexité coûte cher, sans toujours garantir une meilleure protection de la population.
En mai 2019, Édouard Philippe annonçait vouloir passer au crible les quelque 1 200 établissements, organismes et agences qui complètent l’action de l’État. Sept ans plus tard, cette ambition de rationalisation semble être restée lettre morte. La France continue d’entretenir un vaste réseau d’organismes publics, dont les missions et les compétences se superposent parfois.
Dans une étude consacrée aux agences sanitaires, l’Observatoire Hexagone se penche sur l’un des secteurs où cette organisation est particulièrement complexe : la santé publique. Au fil des années, les gouvernements ont multiplié les agences spécialisées, puis créé de nouvelles instances pour coordonner leurs travaux. Une accumulation qui soulève des questions sur son coût, son efficacité et la responsabilité des décisions.
Des milliards d’euros et des milliers d’agents
Le poids financier de cet écosystème est loin d’être négligeable. En 2025, les principaux organismes nationaux de santé financés par l’Assurance maladie ont reçu plus de 1,2 milliard d’euros de dotations. Les 18 agences régionales de santé (ARS) mobilisent quant à elles plus de 8 000 emplois, avec un budget de gestion financé à hauteur d’environ 800 millions d’euros par l’État et l’Assurance maladie.
À ces moyens s’ajoutent ceux d’organismes financés sur d’autres périmètres, comme l’Agence nationale de sécurité sanitaire (ANSES), dont le budget initial atteignait environ 180 millions d’euros en 2025, pour plus de 1 400 équivalents temps plein travaillés.
Ces montants correspondent à des missions différentes et ne constituent pas, en eux-mêmes, des dépenses inutiles. Mais leur ampleur justifie d’examiner la pertinence de chaque structure, particulièrement dans un pays où les dépenses publiques représentent environ 57 % du PIB.
Le problème n’est pas nouveau. Dès 2007, le Sénat alertait sur la multiplication des agences sanitaires et les difficultés d’articulation entre leurs compétences. En 2011, l’Inspection générale des affaires sociales recensait encore 14 organismes participant à l’expertise sanitaire dans plusieurs domaines.
Depuis, la coordination est elle-même devenue une activité institutionnelle à part entière. Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a notamment pour mission d’organiser la production d’expertise en liaison avec les autres agences. Son organigramme de 2024 fait apparaître 16 institutions représentées, cinq commissions spécialisées, huit groupes de travail permanents et 123 experts.
Un contrôle démocratique parfois limité
Au-delà de la dépense, Hexagone pointe une autre difficulté : la distance entre ceux qui financent les agences et ceux qui les dirigent.
Dans un rapport, le Sénat relevait que quinze organismes et fonds autonomes du secteur sanitaire bénéficiaient de financements de la Sécurité sociale selon des procédures dérogatoires réduisant la place du Parlement. Les sénateurs allaient jusqu’à qualifier la Sécurité sociale de « financeur aveugle ».
La Haute Autorité de santé (HAS) illustre ce décalage : aucun membre de son collège n’est désigné par une administration de Sécurité sociale, alors que cette dernière participe largement au financement du dispositif sanitaire. L’ANSES, de son côté, dépend de quatre ministères de tutelle, sans parlementaire au sein de son conseil d’administration.
Cette dispersion des responsabilités devient particulièrement problématique lorsque survient une crise.
Le Covid, révélateur des chevauchements
Pendant la pandémie, plusieurs instances ont été amenées à produire des avis sur des sujets proches : Conseil scientifique, HCSP, Haute Autorité de santé, comités spécialisés sur les vaccins et autres structures de conseil.
Sur la gestion des écoles ou la vaccination, des recommandations ont ainsi coexisté, issues d’organismes différents. Le Sénat a relevé ces chevauchements et proposé la création d’une instance nationale d’expertise scientifique unique.
L’histoire de l’expertise vaccinale illustre les hésitations françaises. En 2017, les compétences correspondantes avaient été transférées du HCSP à la HAS afin de simplifier l’organisation. Trois ans plus tard, la crise sanitaire entraînait pourtant la création de nouvelles instances spécialisées.
Le dossier de la cigarette électronique révèle lui aussi les difficultés d’une expertise dispersée. Depuis 2014, plusieurs institutions ont abordé ce sujet sous des angles différents, entre aide au sevrage tabagique et évaluation des risques sanitaires. Cette pluralité d’approches peut se justifier scientifiquement, mais elle complique la lisibilité des recommandations publiques.
Faut-il pour autant supprimer les agences sanitaires ? Leur expertise demeure indispensable. La question est plutôt de savoir si toutes doivent conserver leur autonomie, leurs organes de gouvernance et leurs structures administratives.
Une proposition de loi examinée au Sénat envisage notamment la suppression des ARS, dont les missions seraient transférées à l’État, ainsi que l’instauration d’une tutelle administrative unique pour chaque organisme.
Pour Hexagone, la rationalisation ne répondrait pas seulement à un objectif d’économies. Elle pourrait également permettre de clarifier les responsabilités et de rendre les décisions sanitaires plus cohérentes. Dans une France confrontée à la dégradation de ses finances publiques, la question mérite au moins d’être posée : combien coûte cette complexité administrative, et que gagne réellement le contribuable à la financer ?
